ปัจจัยสำคัญที่จะส่งผลให้มูลค่าของทรัพย์สินทางปัญญาจากกระแสรายได้ที่คาดการณ์ไว้มีมูลค่ามากหรือน้อย โดยอัตราคิดลดกระแสเงินสดยิ่งมีค่ามากเท่าใดย่อมส่งผลให้มูลค่าปัจจุบันสุทธิหรือมูลค่าของทรัพย์สินทางปัญญาลดลงมากตามไปด้วย ดังนั้นภายใต้กระแสรายได้หรือกำไรสุทธิต่อปีที่เท่ากัน ถ้าใช้อัตราคิดลดกระแสเงินสดที่แตกต่างกัน ผลลัพธ์ที่ได้ย่อมแตกต่างกันออกไปด้วย สมมติว่าธุรกิจที่ใช้ทรัพย์สินทางปัญญานี้มีรายได้เป็นกำไรสุทธิเท่ากันทุกปี ปีละ 10 ล้านบาท โดยสมมติว่าไม่มีการคิดว่ามีการลงทุนเริ่มต้น เวลาการคิดใช้ระยะเวลาประมาณการ 5 ปี เมื่อใช้อัตราคิดลดกระแสเงินสดที่แตกต่างกัน

ในเมื่อธุรกิจด้านทรัพย์สินทางปัญญาในปัจจุบันยังไม่มีจำนวนมากพอที่จะอ้างอิงเปรียบเทียบได้โดยตรง เพราะวิธีการหาอัตราผลตอบแทนด้วยวิธีแบบจำลองดังกล่าวเหมาะสมกับการคำนวณผลตอบแทนของหลักทรัพย์ในตลาด ซึ่งมีข้อมูลจำนวนของหลักทรัพย์หรือจำนวนธุรกิจมากเพียงพอที่จะใช้หาอัตราค่าต่างๆทางสถิติได้ มิใช่เป็นธุรกิจที่มีจำนวนน้อยและมีความแตกต่างกัน ดังนั้นสิ่งที่เกิดขึ้นก็มักจะคล้ายคลึงกับที่เกิดขึ้น คือมักจะถูกระบุไว้ก่อนว่าผลตอบแทนของตลาดคือประมาณ 15%-18%

ประเด็นของการได้มาในมูลค่าด้วยวิธีนี้จะอยู่ที่ 2 ปัจจัยหรือ 2 ตัวแปรหลักอันประกอบด้วย กระแสรายได้ที่เกิดขึ้น และอัตราคิดลดกระแสเงินสด ซึ่งปัจจัยทั้งสองนี้เป็นสิ่งที่เป็นตัวกำหนดว่ามูลค่าทรัพย์สินทางปัญญานั้นจะมีมูลค่ามากน้อยเพียงใด และปัจจัยทั้งสองนี้ยังส่งผลให้เกิดข้อโต้แย้งในเรื่องของมูลค่าที่ได้หรือวิธีการได้มาของมูลค่า ทั้งจากตัวผู้ประกอบการเองหรือจากหน่วยงานหรือสถาบันการเงินเองอีกด้วย

กระแสรายได้ที่เกิดขึ้นและอัตราคิดลดกระแสเงินสด จึงถือเป็นประเด็นสำคัญอันส่งผลให้มูลค่าของทรัพย์สินทางปัญญาที่คำนวณได้มีความน่าเชื่อถือเพียงใด เพราะในบางครั้งพบว่าการกำหนดมูลค่าของทรัพย์สินทางปัญญาดังกล่าวที่เกิดขึ้น มักมาจากพื้นฐานหรือข้อมูลที่ขาดเหตุผลรองรับอย่างถูกต้อง โดยสิ่งที่เกิดขึ้นที่พบอยู่โดยทั่วไปในการประเมินมูลค่าทรัพย์สินทางปัญญาก็คือ ประมาณการรายได้สูงเกินจริง ในขณะที่อัตราคิดกระแสเงินสดก็ใช้อัตราที่ต่ำเกินจริงเช่นกัน ส่งผลให้ราคาประเมินที่ได้ของทรัพย์สินทางปัญญาดังกล่าว สูงกว่าความเป็นจริงหรือสามารถยอมรับได้ จนมักเกิดข้อโต้แย้งขึ้นระหว่างผู้ประกอบการและหน่วยงานหรือสถาบันการเงินอยู่บ่อยครั้ง